फार पुर्वी एका कोळ्याच्या ताब्यात असणारे हे बेट आणि त्यावरचा लाकडी कोट असणारा किल्ला सिद्दींनी आपल्या ताब्यात दगा करून घेतले आणि त्यावर नंतर हा किल्ला बांधला. सुमारे ३०० वर्षाहून अधिक जुना असणारा हा किल्ला म्हणजे वास्तू शास्त्राचा अद्वितीय नमुना म्हणावा लागेल. शिवाजी महाराज, संभाजी महाराज यांच्याबरोबरच डच आणि इंग्रजांनी प्रयत्न करूनही हा किल्ला त्यांना शेवटपर्यंत जिंकता आला नाही.
जझीरा हा मुळ अरबी शब्द असून त्याचा अर्थ बेट असा होतो. त्याचा अपभ्रंश म्हणजे जंजीरा. हा किल्ला बघण्यासाठी आपल्याला दोन कि.मी. आत समुद्रात जावे लागते. त्यासाठी अर्थातच बोटींची सोय आहे. फेरीचे भाडे प्रत्येक प्रवाशासाठी साधारण ८० रू. आहे. (आता कदाचित वाढले असू शकते.) हा संपुर्ण किल्ला बघायला साधारण ४ तास तरी लागतात. किल्ल्यावर गाईडची सोय उपलब्ध आहेत जे साधारण १ ते दिड तासात किल्ला दाखवतात. सरासरी प्रत्येक पर्यटकामागे १०० ते २०० रू. त्यासाठी ते घेतात.
२२ एकर जागेमध्ये बांधलेल्या जंजीऱयाचे बांधकाम दगड, शिसं आणि चुना वापरून केलेले आहे. याचा मुख्य दरवाजा अतिशय भव्य आहे. या दरवाज्यावर हत्तींच्या पाठीवर पंजे रोवून असणाऱ्या सिंहाचे चिन्ह आहे. यातून आपण आत प्रवेश करताना आपल्याला किल्ल्याच्या मजबुतीचा कल्पना येऊ शकते. मुख्य दरवाजावर समुद्राच्या भरतीच्या खुणा पाहिल्या तर पाणी कुठपर्यंत येते हे सहज कळते. या किल्लाच्या सुरूवातीलाच एक कबर असून ती पहिल्या सिद्दीची आहे असं गाईडतर्फे सांगण्यात आलं. या किल्ल्याला एकुण १९ बुरूज असून हे बुरूज अजुनही सुस्थितीत आहेत. प्रत्येक बुरूज तोफांनी सुसज्ज असे. किल्ल्याच्या खालच्या भागात असणाऱया खिडक्यांतून समुद्रावर नजर ठेवली जाई. याच ठिकाणी दारूगोळा भरून ठेवलेला असे. या किल्ल्यावर सिद्दींच्या प्रसिद्ध अशा तीन तोफा आहेत. एक म्हणजे कलाल बांगडी, दुसरी चावरी आणि तिसरी म्हणजे लांडा कासम.
या किल्ल्यावर गोड्या पाण्याचा एक मोठा तलाव आहे. तसेच शत्रुचा न झेलता येणारा हल्ला झाला तर सुरक्षित निसटता यावे यासाठी राजापुरी पर्यंत भुयारी मार्ग हा काढला होता. हा मार्ग अर्थातच आता बंद आहे. या किल्ल्यावर पुर्वी सर्व सोयी उपलब्ध होत्या. याचा दुसरा दरवाजा समुद्राच्या बाजूने उघडतो ज्याला दर्या दरवाजा असं नाव आहे.
शिवाजी महाराज आणि संभाजी महाराज यांनी तब्बल आठ वेळा प्रयत्न करूनही हा किल्ला त्यांना जिंकता आला नाही. संभाजी महाराजांनी तर किल्ल्यापर्यंत मार्ग बांधण्याचा पण प्रयत्न केला होता. मात्र, त्यांना किल्ला जिंकण्यात अपयश आले. हा किल्ला अजिंक्य राहण्याचे एक कारण असे सांगितले जाते की ह्या किल्ल्याची पायाभरणी अतिशय शुभ मुहुर्तावर केली गेली होती. जंजीऱ्याला शह देण्यासाठी त्यापासून थोड्या दुर समुद्रात छत्रपतींनी नंतर पद्मदुर्ग हा जलदुर्ग बांधला. जंजीऱयाच्या बुरूजावरून आपण तो पाहू शकतो. जंजीऱयाजवळच गावामध्ये सिद्दीच्या नबाबांचा राजवाडा आहे. मात्र आत जाण्याची परवानगी नाही.
जंजिऱयाचे मालक असणारे राजघराणे हे सिद्दी म्हणून ओळखले जात. आफ्रीकेतील टोळीने पाहणारे अतिशय क्रुर असे हे हबशी ब्रिटीशांच्या काळात सुरूवातीला वझीर आणि नंतर नवाब म्हणून ओळखले जाऊ लागले. त्यांना ११ तोफांच्या सलामीचा मान होता. १९४८ मध्ये जंजिरा हे राज्य आणि पर्यायाने हा अजिंक्य किल्ला आपल्या स्वतंत्र भारतात विलीन करण्यात आला.